寒沙门杆菌是引发人类食源性疾病的主要病因，大多数情况下，这些细菌感染只会引发暂时性的肠道不适和功能障碍。当第四次感染发生时（与第一次相隔数月），炎症会逐渐加重，且所有小鼠模型都会患上肠炎。令人惊讶的是，尽管反复的感染已经结束，但是肠炎并没有得到改善。这表明，损伤已经造成，且不可逆转。
研究团队发现，炎症性疾病的发生与肠道碱性磷酸酶（IAP，由十二指肠分泌）缺乏有关。IAP负责去除由肠道细菌分泌的分子中的磷酸盐，从而确保这些物质由有毒转化为无毒状态。但是，沙门氏菌感染会上调小肠内神经氨酸酶的活性，进而导致IAP酶缺乏。在研究中同样发现，可以通过提高IAP水平、抑制神经氨酸酶活性的方法（例如服用神经氨酸酶抑制剂，一种用于预防流感病毒的药物），预防炎症性疾病的发生。
实验结果显示，虽然宿主会清除掉病原体，但是这些感染会慢慢累积，最终诱导不可逆转的炎症性疾病，揭示了细菌性感染会随着年龄的增长而累积，易导致严重的炎症性疾病。实验部分全部HE染色成像与免疫荧光成像数据，均来自于奥地利TG公司TissueFAXS Cytometry定量分析技术, 组织水平单细胞定量分析数据使用了TissueQuest和HistoQuest软件。
Fig 1 HE样本成像 - 48周龄的肠组织。
L：肠腔，E：上皮层， C：腺窝; G：杯状细胞， S：粘膜下层，I：白细胞浸润
Fig 2 IAP在肠组织中的原位信息和细胞内共定位
HE染色或IAP荧光抗体染色（绿色）和细胞内区室蛋白（红色）。
在HE染色的样本中由于只存在苏木素与伊红两种颜色，无法通过特殊颜色对目标蛋白分子进行标记定量。但是，TissueFAXS Cytometry技术的优势在于，可以通过精准识别苏木素标记的细胞核，对其形态/分布/密度等数据进行定量分析，辅以通过算法识别不同组织结构与伊红结合力不同造成的颜色差异，可以对HE染色样本中的组织形态进行定量识别与分析。
利用这种方法，使病理中最常用、操作最简单的HE染色与精准的计算机组织原位定量分析相结合，提供了精准化高通量分析组织形态学的一种新方法。